internal_coord.InternalCoordinates

class internal_coord.InternalCoordinates(backbone_atom_chains: tuple[tuple] = (('N', 'CA', 'C', 'O'), ('O', 'C', 'CA', 'CB'), ('CA', 'C', 'O'), ('CB', 'CA', 'C'), ('CA', 'C', 'OXT'), ('N', 'CA', 'C', 'OXT'), ('H', 'N', 'CA'), ('C', 'CA', 'N', 'H'), ('HA', 'CA', 'C'), ('O', 'C', 'CA', 'HA'), ('HA2', 'CA', 'C'), ('O', 'C', 'CA', 'HA2'), ('HA3', 'CA', 'C'), ('O', 'C', 'CA', 'HA3'), ('N', 'CA', 'CB'), ('N', 'CA', 'CB', 'HB'), ('N', 'CA', 'CB', 'HB1'), ('N', 'CA', 'CB', 'HB2'), ('N', 'CA', 'CB', 'HB3'), ('CA', 'CB', 'HB'), ('CA', 'CB', 'HB1'), ('CA', 'CB', 'HB2'), ('CA', 'CB', 'HB3'), ('H1', 'N', 'CA'), ('H2', 'N', 'CA'), ('H3', 'N', 'CA'), ('C', 'CA', 'N', 'H1'), ('C', 'CA', 'N', 'H2'), ('C', 'CA', 'N', 'H3')), sidechain_atom_chains: dict[str, tuple] = {'C': (('CA', 'CB', 'SG'), ('N', 'CA', 'CB', 'SG', 'chi1'), ('CB', 'SG', 'HG'), ('CA', 'CB', 'SG', 'HG')), 'D': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'OD1'), ('CA', 'CB', 'CG', 'OD1', 'chi2'), ('CB', 'CG', 'OD2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'OD2'), ('CG', 'OD2', 'HD2'), ('CB', 'CG', 'OD2', 'HD2')), 'E': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'CD'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD', 'chi2'), ('CG', 'CD', 'OE1'), ('CB', 'CG', 'CD', 'OE1', 'chi3'), ('CG', 'CD', 'OE2'), ('CB', 'CG', 'CD', 'OE2'), ('CB', 'CG', 'HG2'), ('CB', 'CG', 'HG3'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG3'), ('CD', 'OE2', 'HE2'), ('CG', 'CD', 'OE2', 'HE2')), 'F': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'CD1'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD1', 'chi2'), ('CG', 'CD1', 'CE1'), ('CB', 'CG', 'CD1', 'CE1'), ('CD1', 'CE1', 'CZ'), ('CG', 'CD1', 'CE1', 'CZ'), ('CB', 'CG', 'CD2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD2'), ('CG', 'CD2', 'CE2'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'CE2'), ('CG', 'CD1', 'HD1'), ('CB', 'CG', 'CD1', 'HD1'), ('CG', 'CD2', 'HD2'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'HD2'), ('CD1', 'CE1', 'HE1'), ('CG', 'CD1', 'CE1', 'HE1'), ('CD2', 'CE2', 'HE2'), ('CG', 'CD2', 'CE2', 'HE2'), ('CE1', 'CZ', 'HZ'), ('CD1', 'CE1', 'CZ', 'HZ')), 'H': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'ND1'), ('CA', 'CB', 'CG', 'ND1', 'chi2'), ('CG', 'ND1', 'CE1'), ('CB', 'CG', 'ND1', 'CE1'), ('CB', 'CG', 'CD2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD2'), ('CG', 'CD2', 'NE2'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'NE2'), ('CG', 'ND1', 'HD1'), ('CB', 'CG', 'ND1', 'HD1'), ('CG', 'CD2', 'HD2'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'HD2'), ('ND1', 'CE1', 'HE1'), ('CG', 'ND1', 'CE1', 'HE1'), ('CD2', 'NE2', 'HE2'), ('CG', 'CD2', 'NE2', 'HE2')), 'I': (('CA', 'CB', 'CG1'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG1', 'chi1'), ('CB', 'CG1', 'CD1'), ('CA', 'CB', 'CG1', 'CD1', 'chi2'), ('CA', 'CB', 'CG2'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG2'), ('CB', 'CG1', 'HG12'), ('CB', 'CG1', 'HG13'), ('CB', 'CG2', 'HG21'), ('CB', 'CG2', 'HG22'), ('CB', 'CG2', 'HG23'), ('CA', 'CB', 'CG1', 'HG12'), ('CA', 'CB', 'CG1', 'HG13'), ('CA', 'CB', 'CG2', 'HG21'), ('CA', 'CB', 'CG2', 'HG22'), ('CA', 'CB', 'CG2', 'HG23'), ('CG1', 'CD1', 'HD11'), ('CG1', 'CD1', 'HD12'), ('CG1', 'CD1', 'HD13'), ('CB', 'CG1', 'CD1', 'HD11'), ('CB', 'CG1', 'CD1', 'HD12'), ('CB', 'CG1', 'CD1', 'HD13')), 'K': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'CD'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD', 'chi2'), ('CG', 'CD', 'CE'), ('CB', 'CG', 'CD', 'CE', 'chi3'), ('CD', 'CE', 'NZ'), ('CG', 'CD', 'CE', 'NZ', 'chi4'), ('CB', 'CG', 'HG2'), ('CB', 'CG', 'HG3'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG3'), ('CG', 'CD', 'HD2'), ('CG', 'CD', 'HD3'), ('CB', 'CG', 'CD', 'HD2'), ('CB', 'CG', 'CD', 'HD3'), ('CD', 'CE', 'HE2'), ('CD', 'CE', 'HE3'), ('CG', 'CD', 'CE', 'HE2'), ('CG', 'CD', 'CE', 'HE3'), ('CE', 'NZ', 'HZ1'), ('CE', 'NZ', 'HZ2'), ('CE', 'NZ', 'HZ3'), ('CD', 'CE', 'NZ', 'HZ1'), ('CD', 'CE', 'NZ', 'HZ2'), ('CD', 'CE', 'NZ', 'HZ3')), 'L': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'CD1'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD1', 'chi2'), ('CB', 'CG', 'CD2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD2'), ('CB', 'CG', 'HG'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG'), ('CG', 'CD1', 'HD11'), ('CG', 'CD1', 'HD12'), ('CG', 'CD1', 'HD13'), ('CG', 'CD2', 'HD21'), ('CG', 'CD2', 'HD22'), ('CG', 'CD2', 'HD23'), ('CB', 'CG', 'CD1', 'HD11'), ('CB', 'CG', 'CD1', 'HD12'), ('CB', 'CG', 'CD1', 'HD13'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'HD21'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'HD22'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'HD23')), 'M': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'SD'), ('CA', 'CB', 'CG', 'SD', 'chi2'), ('CG', 'SD', 'CE'), ('CB', 'CG', 'SD', 'CE', 'chi3'), ('CB', 'CG', 'HG2'), ('CB', 'CG', 'HG3'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG3'), ('SD', 'CE', 'HE1'), ('SD', 'CE', 'HE2'), ('SD', 'CE', 'HE3'), ('CG', 'SD', 'CE', 'HE1'), ('CG', 'SD', 'CE', 'HE2'), ('CG', 'SD', 'CE', 'HE3')), 'N': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'OD1'), ('CA', 'CB', 'CG', 'OD1', 'chi2'), ('CB', 'CG', 'ND2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'ND2'), ('CG', 'ND2', 'HD21'), ('CG', 'ND2', 'HD22'), ('CB', 'CG', 'ND2', 'HD21'), ('CB', 'CG', 'ND2', 'HD22')), 'P': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'CD'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD', 'chi2'), ('CB', 'CG', 'HG2'), ('CB', 'CG', 'HG3'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG3'), ('CG', 'CD', 'HD2'), ('CG', 'CD', 'HD3'), ('CB', 'CG', 'CD', 'HD2'), ('CB', 'CG', 'CD', 'HD3')), 'Q': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'CD'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD', 'chi2'), ('CG', 'CD', 'OE1'), ('CB', 'CG', 'CD', 'OE1', 'chi3'), ('CG', 'CD', 'NE2'), ('CB', 'CG', 'CD', 'NE2'), ('CB', 'CG', 'HG2'), ('CB', 'CG', 'HG3'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG3'), ('CD', 'NE2', 'HE21'), ('CD', 'NE2', 'HE22'), ('CG', 'CD', 'NE2', 'HE21'), ('CG', 'CD', 'NE2', 'HE22')), 'R': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'CD'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD', 'chi2'), ('CG', 'CD', 'NE'), ('CB', 'CG', 'CD', 'NE', 'chi3'), ('CD', 'NE', 'CZ'), ('CG', 'CD', 'NE', 'CZ', 'chi4'), ('NE', 'CZ', 'NH1'), ('CD', 'NE', 'CZ', 'NH1', 'chi5'), ('NE', 'CZ', 'NH2'), ('CD', 'NE', 'CZ', 'NH2'), ('CB', 'CG', 'HG2'), ('CB', 'CG', 'HG3'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG3'), ('CG', 'CD', 'HD2'), ('CG', 'CD', 'HD3'), ('CB', 'CG', 'CD', 'HD2'), ('CB', 'CG', 'CD', 'HD3'), ('CD', 'NE', 'HE'), ('CG', 'CD', 'NE', 'HE'), ('CZ', 'NH1', 'HH11'), ('CZ', 'NH1', 'HH12'), ('NE', 'CZ', 'NH1', 'HH11'), ('NE', 'CZ', 'NH1', 'HH12'), ('CZ', 'NH2', 'HH21'), ('CZ', 'NH2', 'HH22'), ('NE', 'CZ', 'NH2', 'HH21'), ('NE', 'CZ', 'NH2', 'HH22')), 'S': (('CA', 'CB', 'OG'), ('N', 'CA', 'CB', 'OG', 'chi1'), ('CB', 'OG', 'HG'), ('CA', 'CB', 'OG', 'HG')), 'T': (('CA', 'CB', 'OG1'), ('N', 'CA', 'CB', 'OG1', 'chi1'), ('CA', 'CB', 'CG2'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG2'), ('CB', 'OG1', 'HG1'), ('CA', 'CB', 'OG1', 'HG1'), ('CB', 'CG2', 'HG21'), ('CB', 'CG2', 'HG22'), ('CB', 'CG2', 'HG23'), ('CA', 'CB', 'CG2', 'HG21'), ('CA', 'CB', 'CG2', 'HG22'), ('CA', 'CB', 'CG2', 'HG23')), 'V': (('CA', 'CB', 'CG1'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG1', 'chi1'), ('CA', 'CB', 'CG2'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG2'), ('CB', 'CG1', 'HG11'), ('CB', 'CG1', 'HG12'), ('CB', 'CG1', 'HG13'), ('CB', 'CG2', 'HG21'), ('CB', 'CG2', 'HG22'), ('CB', 'CG2', 'HG23'), ('CA', 'CB', 'CG1', 'HG11'), ('CA', 'CB', 'CG1', 'HG12'), ('CA', 'CB', 'CG1', 'HG13'), ('CA', 'CB', 'CG2', 'HG21'), ('CA', 'CB', 'CG2', 'HG22'), ('CA', 'CB', 'CG2', 'HG23')), 'W': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'CD1'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD1', 'chi2'), ('CG', 'CD1', 'NE1'), ('CB', 'CG', 'CD1', 'NE1'), ('CB', 'CG', 'CD2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD2'), ('CG', 'CD2', 'CE2'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'CE2'), ('CD2', 'CE2', 'CZ2'), ('CG', 'CD2', 'CE2', 'CZ2'), ('CE2', 'CZ2', 'CH2'), ('CD2', 'CE2', 'CZ2', 'CH2'), ('CE2', 'CZ2', 'HZ2'), ('CD2', 'CE2', 'CZ2', 'HZ2'), ('CG', 'CD2', 'CE3'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'CE3'), ('CZ2', 'CH2', 'CZ3'), ('CE2', 'CZ2', 'CH2', 'CZ3'), ('CG', 'CD1', 'HD1'), ('CB', 'CG', 'CD1', 'HD1'), ('CD1', 'NE1', 'HE1'), ('CG', 'CD1', 'NE1', 'HE1'), ('CD2', 'CE3', 'HE3'), ('CG', 'CD2', 'CE3', 'HE3'), ('CH2', 'CZ3', 'HZ3'), ('CZ2', 'CH2', 'CZ3', 'HZ3'), ('CZ2', 'CH2', 'HH2'), ('CE2', 'CZ2', 'CH2', 'HH2')), 'Y': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'CD1'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD1', 'chi2'), ('CG', 'CD1', 'CE1'), ('CB', 'CG', 'CD1', 'CE1'), ('CD1', 'CE1', 'CZ'), ('CG', 'CD1', 'CE1', 'CZ'), ('CE1', 'CZ', 'OH'), ('CD1', 'CE1', 'CZ', 'OH'), ('CB', 'CG', 'CD2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD2'), ('CG', 'CD2', 'CE2'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'CE2'), ('CG', 'CD1', 'HD1'), ('CB', 'CG', 'CD1', 'HD1'), ('CG', 'CD2', 'HD2'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'HD2'), ('CD1', 'CE1', 'HE1'), ('CG', 'CD1', 'CE1', 'HE1'), ('CD2', 'CE2', 'HE2'), ('CG', 'CD2', 'CE2', 'HE2'), ('CZ', 'OH', 'HH'), ('CE1', 'CZ', 'OH', 'HH'))})[source]

Bases: object

Object for accessing residue internal coordinates

Parameters:

backbone_atom_chains (tuple[tuple]) – backbone atom chains in a residue
sidechain_atom_chains (dict[str, tuple]) – sidechain atom chains in each standard amino acid

backbone_bonds

backbone atom pair identifiers

Type:: list[str]

backbone_angle_keys

identifiers for chains of 3 backbone atoms

Type:: list[str]

sidechain_bonds

sidechain atom pair identifiers for each standard aminoacid

Type:: dict[str, list[str]]

sidechain_angle_keys

identifiers for chains of 3 sidechain atoms for each standard amino acid

Type:: dict[str, list[str]]

__init__(backbone_atom_chains: tuple[tuple] = (('N', 'CA', 'C', 'O'), ('O', 'C', 'CA', 'CB'), ('CA', 'C', 'O'), ('CB', 'CA', 'C'), ('CA', 'C', 'OXT'), ('N', 'CA', 'C', 'OXT'), ('H', 'N', 'CA'), ('C', 'CA', 'N', 'H'), ('HA', 'CA', 'C'), ('O', 'C', 'CA', 'HA'), ('HA2', 'CA', 'C'), ('O', 'C', 'CA', 'HA2'), ('HA3', 'CA', 'C'), ('O', 'C', 'CA', 'HA3'), ('N', 'CA', 'CB'), ('N', 'CA', 'CB', 'HB'), ('N', 'CA', 'CB', 'HB1'), ('N', 'CA', 'CB', 'HB2'), ('N', 'CA', 'CB', 'HB3'), ('CA', 'CB', 'HB'), ('CA', 'CB', 'HB1'), ('CA', 'CB', 'HB2'), ('CA', 'CB', 'HB3'), ('H1', 'N', 'CA'), ('H2', 'N', 'CA'), ('H3', 'N', 'CA'), ('C', 'CA', 'N', 'H1'), ('C', 'CA', 'N', 'H2'), ('C', 'CA', 'N', 'H3')), sidechain_atom_chains: dict[str, tuple] = {'C': (('CA', 'CB', 'SG'), ('N', 'CA', 'CB', 'SG', 'chi1'), ('CB', 'SG', 'HG'), ('CA', 'CB', 'SG', 'HG')), 'D': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'OD1'), ('CA', 'CB', 'CG', 'OD1', 'chi2'), ('CB', 'CG', 'OD2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'OD2'), ('CG', 'OD2', 'HD2'), ('CB', 'CG', 'OD2', 'HD2')), 'E': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'CD'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD', 'chi2'), ('CG', 'CD', 'OE1'), ('CB', 'CG', 'CD', 'OE1', 'chi3'), ('CG', 'CD', 'OE2'), ('CB', 'CG', 'CD', 'OE2'), ('CB', 'CG', 'HG2'), ('CB', 'CG', 'HG3'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG3'), ('CD', 'OE2', 'HE2'), ('CG', 'CD', 'OE2', 'HE2')), 'F': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'CD1'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD1', 'chi2'), ('CG', 'CD1', 'CE1'), ('CB', 'CG', 'CD1', 'CE1'), ('CD1', 'CE1', 'CZ'), ('CG', 'CD1', 'CE1', 'CZ'), ('CB', 'CG', 'CD2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD2'), ('CG', 'CD2', 'CE2'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'CE2'), ('CG', 'CD1', 'HD1'), ('CB', 'CG', 'CD1', 'HD1'), ('CG', 'CD2', 'HD2'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'HD2'), ('CD1', 'CE1', 'HE1'), ('CG', 'CD1', 'CE1', 'HE1'), ('CD2', 'CE2', 'HE2'), ('CG', 'CD2', 'CE2', 'HE2'), ('CE1', 'CZ', 'HZ'), ('CD1', 'CE1', 'CZ', 'HZ')), 'H': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'ND1'), ('CA', 'CB', 'CG', 'ND1', 'chi2'), ('CG', 'ND1', 'CE1'), ('CB', 'CG', 'ND1', 'CE1'), ('CB', 'CG', 'CD2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD2'), ('CG', 'CD2', 'NE2'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'NE2'), ('CG', 'ND1', 'HD1'), ('CB', 'CG', 'ND1', 'HD1'), ('CG', 'CD2', 'HD2'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'HD2'), ('ND1', 'CE1', 'HE1'), ('CG', 'ND1', 'CE1', 'HE1'), ('CD2', 'NE2', 'HE2'), ('CG', 'CD2', 'NE2', 'HE2')), 'I': (('CA', 'CB', 'CG1'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG1', 'chi1'), ('CB', 'CG1', 'CD1'), ('CA', 'CB', 'CG1', 'CD1', 'chi2'), ('CA', 'CB', 'CG2'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG2'), ('CB', 'CG1', 'HG12'), ('CB', 'CG1', 'HG13'), ('CB', 'CG2', 'HG21'), ('CB', 'CG2', 'HG22'), ('CB', 'CG2', 'HG23'), ('CA', 'CB', 'CG1', 'HG12'), ('CA', 'CB', 'CG1', 'HG13'), ('CA', 'CB', 'CG2', 'HG21'), ('CA', 'CB', 'CG2', 'HG22'), ('CA', 'CB', 'CG2', 'HG23'), ('CG1', 'CD1', 'HD11'), ('CG1', 'CD1', 'HD12'), ('CG1', 'CD1', 'HD13'), ('CB', 'CG1', 'CD1', 'HD11'), ('CB', 'CG1', 'CD1', 'HD12'), ('CB', 'CG1', 'CD1', 'HD13')), 'K': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'CD'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD', 'chi2'), ('CG', 'CD', 'CE'), ('CB', 'CG', 'CD', 'CE', 'chi3'), ('CD', 'CE', 'NZ'), ('CG', 'CD', 'CE', 'NZ', 'chi4'), ('CB', 'CG', 'HG2'), ('CB', 'CG', 'HG3'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG3'), ('CG', 'CD', 'HD2'), ('CG', 'CD', 'HD3'), ('CB', 'CG', 'CD', 'HD2'), ('CB', 'CG', 'CD', 'HD3'), ('CD', 'CE', 'HE2'), ('CD', 'CE', 'HE3'), ('CG', 'CD', 'CE', 'HE2'), ('CG', 'CD', 'CE', 'HE3'), ('CE', 'NZ', 'HZ1'), ('CE', 'NZ', 'HZ2'), ('CE', 'NZ', 'HZ3'), ('CD', 'CE', 'NZ', 'HZ1'), ('CD', 'CE', 'NZ', 'HZ2'), ('CD', 'CE', 'NZ', 'HZ3')), 'L': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'CD1'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD1', 'chi2'), ('CB', 'CG', 'CD2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD2'), ('CB', 'CG', 'HG'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG'), ('CG', 'CD1', 'HD11'), ('CG', 'CD1', 'HD12'), ('CG', 'CD1', 'HD13'), ('CG', 'CD2', 'HD21'), ('CG', 'CD2', 'HD22'), ('CG', 'CD2', 'HD23'), ('CB', 'CG', 'CD1', 'HD11'), ('CB', 'CG', 'CD1', 'HD12'), ('CB', 'CG', 'CD1', 'HD13'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'HD21'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'HD22'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'HD23')), 'M': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'SD'), ('CA', 'CB', 'CG', 'SD', 'chi2'), ('CG', 'SD', 'CE'), ('CB', 'CG', 'SD', 'CE', 'chi3'), ('CB', 'CG', 'HG2'), ('CB', 'CG', 'HG3'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG3'), ('SD', 'CE', 'HE1'), ('SD', 'CE', 'HE2'), ('SD', 'CE', 'HE3'), ('CG', 'SD', 'CE', 'HE1'), ('CG', 'SD', 'CE', 'HE2'), ('CG', 'SD', 'CE', 'HE3')), 'N': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'OD1'), ('CA', 'CB', 'CG', 'OD1', 'chi2'), ('CB', 'CG', 'ND2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'ND2'), ('CG', 'ND2', 'HD21'), ('CG', 'ND2', 'HD22'), ('CB', 'CG', 'ND2', 'HD21'), ('CB', 'CG', 'ND2', 'HD22')), 'P': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'CD'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD', 'chi2'), ('CB', 'CG', 'HG2'), ('CB', 'CG', 'HG3'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG3'), ('CG', 'CD', 'HD2'), ('CG', 'CD', 'HD3'), ('CB', 'CG', 'CD', 'HD2'), ('CB', 'CG', 'CD', 'HD3')), 'Q': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'CD'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD', 'chi2'), ('CG', 'CD', 'OE1'), ('CB', 'CG', 'CD', 'OE1', 'chi3'), ('CG', 'CD', 'NE2'), ('CB', 'CG', 'CD', 'NE2'), ('CB', 'CG', 'HG2'), ('CB', 'CG', 'HG3'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG3'), ('CD', 'NE2', 'HE21'), ('CD', 'NE2', 'HE22'), ('CG', 'CD', 'NE2', 'HE21'), ('CG', 'CD', 'NE2', 'HE22')), 'R': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'CD'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD', 'chi2'), ('CG', 'CD', 'NE'), ('CB', 'CG', 'CD', 'NE', 'chi3'), ('CD', 'NE', 'CZ'), ('CG', 'CD', 'NE', 'CZ', 'chi4'), ('NE', 'CZ', 'NH1'), ('CD', 'NE', 'CZ', 'NH1', 'chi5'), ('NE', 'CZ', 'NH2'), ('CD', 'NE', 'CZ', 'NH2'), ('CB', 'CG', 'HG2'), ('CB', 'CG', 'HG3'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'HG3'), ('CG', 'CD', 'HD2'), ('CG', 'CD', 'HD3'), ('CB', 'CG', 'CD', 'HD2'), ('CB', 'CG', 'CD', 'HD3'), ('CD', 'NE', 'HE'), ('CG', 'CD', 'NE', 'HE'), ('CZ', 'NH1', 'HH11'), ('CZ', 'NH1', 'HH12'), ('NE', 'CZ', 'NH1', 'HH11'), ('NE', 'CZ', 'NH1', 'HH12'), ('CZ', 'NH2', 'HH21'), ('CZ', 'NH2', 'HH22'), ('NE', 'CZ', 'NH2', 'HH21'), ('NE', 'CZ', 'NH2', 'HH22')), 'S': (('CA', 'CB', 'OG'), ('N', 'CA', 'CB', 'OG', 'chi1'), ('CB', 'OG', 'HG'), ('CA', 'CB', 'OG', 'HG')), 'T': (('CA', 'CB', 'OG1'), ('N', 'CA', 'CB', 'OG1', 'chi1'), ('CA', 'CB', 'CG2'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG2'), ('CB', 'OG1', 'HG1'), ('CA', 'CB', 'OG1', 'HG1'), ('CB', 'CG2', 'HG21'), ('CB', 'CG2', 'HG22'), ('CB', 'CG2', 'HG23'), ('CA', 'CB', 'CG2', 'HG21'), ('CA', 'CB', 'CG2', 'HG22'), ('CA', 'CB', 'CG2', 'HG23')), 'V': (('CA', 'CB', 'CG1'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG1', 'chi1'), ('CA', 'CB', 'CG2'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG2'), ('CB', 'CG1', 'HG11'), ('CB', 'CG1', 'HG12'), ('CB', 'CG1', 'HG13'), ('CB', 'CG2', 'HG21'), ('CB', 'CG2', 'HG22'), ('CB', 'CG2', 'HG23'), ('CA', 'CB', 'CG1', 'HG11'), ('CA', 'CB', 'CG1', 'HG12'), ('CA', 'CB', 'CG1', 'HG13'), ('CA', 'CB', 'CG2', 'HG21'), ('CA', 'CB', 'CG2', 'HG22'), ('CA', 'CB', 'CG2', 'HG23')), 'W': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'CD1'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD1', 'chi2'), ('CG', 'CD1', 'NE1'), ('CB', 'CG', 'CD1', 'NE1'), ('CB', 'CG', 'CD2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD2'), ('CG', 'CD2', 'CE2'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'CE2'), ('CD2', 'CE2', 'CZ2'), ('CG', 'CD2', 'CE2', 'CZ2'), ('CE2', 'CZ2', 'CH2'), ('CD2', 'CE2', 'CZ2', 'CH2'), ('CE2', 'CZ2', 'HZ2'), ('CD2', 'CE2', 'CZ2', 'HZ2'), ('CG', 'CD2', 'CE3'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'CE3'), ('CZ2', 'CH2', 'CZ3'), ('CE2', 'CZ2', 'CH2', 'CZ3'), ('CG', 'CD1', 'HD1'), ('CB', 'CG', 'CD1', 'HD1'), ('CD1', 'NE1', 'HE1'), ('CG', 'CD1', 'NE1', 'HE1'), ('CD2', 'CE3', 'HE3'), ('CG', 'CD2', 'CE3', 'HE3'), ('CH2', 'CZ3', 'HZ3'), ('CZ2', 'CH2', 'CZ3', 'HZ3'), ('CZ2', 'CH2', 'HH2'), ('CE2', 'CZ2', 'CH2', 'HH2')), 'Y': (('CA', 'CB', 'CG'), ('N', 'CA', 'CB', 'CG', 'chi1'), ('CB', 'CG', 'CD1'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD1', 'chi2'), ('CG', 'CD1', 'CE1'), ('CB', 'CG', 'CD1', 'CE1'), ('CD1', 'CE1', 'CZ'), ('CG', 'CD1', 'CE1', 'CZ'), ('CE1', 'CZ', 'OH'), ('CD1', 'CE1', 'CZ', 'OH'), ('CB', 'CG', 'CD2'), ('CA', 'CB', 'CG', 'CD2'), ('CG', 'CD2', 'CE2'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'CE2'), ('CG', 'CD1', 'HD1'), ('CB', 'CG', 'CD1', 'HD1'), ('CG', 'CD2', 'HD2'), ('CB', 'CG', 'CD2', 'HD2'), ('CD1', 'CE1', 'HE1'), ('CG', 'CD1', 'CE1', 'HE1'), ('CD2', 'CE2', 'HE2'), ('CG', 'CD2', 'CE2', 'HE2'), ('CZ', 'OH', 'HH'), ('CE1', 'CZ', 'OH', 'HH'))}) → None[source]

Object for accessing residue internal coordinates

Parameters:

backbone_atom_chains (tuple[tuple]) – backbone atom chains in a residue
sidechain_atom_chains (dict[str, tuple]) – sidechain atom chains in each standard amino acid

backbone_bonds

backbone atom pair identifiers

Type:: list[str]

backbone_angle_keys

identifiers for chains of 3 backbone atoms

Type:: list[str]

sidechain_bonds

sidechain atom pair identifiers for each standard aminoacid

Type:: dict[str, list[str]]

sidechain_angle_keys

identifiers for chains of 3 sidechain atoms for each standard amino acid

Type:: dict[str, list[str]]

Methods

`__init__`([backbone_atom_chains, ...])	Object for accessing residue internal coordinates
`get_coordinates`(chain, residue)	internal coordinates of the residue

get_coordinates(chain: <module 'Bio.PDB.Chain' from '/home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/motif-conformation-finder/envs/latest/lib/python3.11/site-packages/Bio/PDB/Chain.py'>, residue: <module 'Bio.PDB.Residue' from '/home/docs/checkouts/readthedocs.org/user_builds/motif-conformation-finder/envs/latest/lib/python3.11/site-packages/Bio/PDB/Residue.py'>) → ResidueData[source]

internal coordinates of the residue

Parameters:

chain (Chain) – Bio.PDB chain object
residue (Residue) – Bio.PDB residue object

Returns:

Object identifying an amino acid residue and recording its protein structure coordinates

Return type:

ResidueData